Ја подигнал византискиот намесник Прогон Згур роднина на византискиот император Андроник II Палеолог во 1295 година во време на Архиепископ Макариј.

Фрескоживописот во оваа црква е од познатите зографи Михаило и Евтхиј.
Во олтарната апсида првата зона ја сочинуваат архиереи во полн раст, втората зона архиереи до појасен раст, а третата зона композициите ,,Томиното неверство", ,,Тајната вечера" и ,,Причестувањето на Апостолите"
Света Богородица Ширшаја и Вознесение Господово е насликана во најгорниот дел на апсидата.

Во наос од сите четири страни се забележуваат три зони на фрескоживопис. Во првата и најдолна зона се среќаваат: Архиереи, преподобни оци, пустиножители. Во втората и средна зона е илустриран целиот живот на Пресвета Богородица. Третата и најгорна зона во наосот се исполнети со композиции од животот на Христос и маките Христови. Тоа се композициите: ,,Миењето нозе", ,,Молитвата на маслиновата гора", ,,Предавството на Јуда", ,,Искачивањето на Крстот", ,,Оплакувањето" и други. Во сите овие композиции е потенциран драматизмот кој се негува и понатаму во стредновековното сликарство.

Во XV век кога манстирот ,,Св. Пантелејмон"-Плаошник од страна на иноверците е претворен во џамија, на охриѓани им било дозволено Светите мошти на Свети Климент да се пренесат во некоја друга црква.

Од ,,Св. Пантелејмон" Светите мошти се пренесени во ,,Мал Св. Климент". Бидејќи Свети Климент има колем култ, охриѓани молеле да им се дозволи Светите мошти да бидат сместени во црква од повисок ранг. Таа молба им била удоволена, т.е. им било дозволено Светите мошти да се пренесат во тогаш најголемата црква ,,Св. Богородица-Перивлептос". Поради овој чин црквата го добила името ,,Свети Климент".

Во почетокот моштите се погребани, но со желба што подостоинствено да му се оддолжи Охрид на својот патрон во XIX век Светите мошти биле откопани и сместени во ретко толку убаво изработена сребрена кутија украсена со разни орнаменти, кутијата била ставена во саркофаг, изработен од орев со прекрасна резба.

По ослободувањето и доаѓањето на кумунизмот, Црквата се најде во уште поголема немилост. До 1952 година во црквата ,,Св. Богородица -Перивлептос" има редовна богослужба. Но власта реши оваа црква да ја претвори во ,,споменикј на културата"

Парохискиот свештеник Ѓорѓи Николоски на 1.септември.1952 година ги зема моштите прекриени со чаршавскришум под пазува се спушта по улица Боро Шаин и ги носи во црквата ,,Св. Никола"-Геракомија, наредниот ден бил пренесен и саркофагот, учесници биле: Стефан Димзов, Устијан Маџаров и Андон Завојче. Моштите остануваат во оваа црква се до 22. септември. 1991 година.

Со враќањето на црквата ,,Св. Климент" (Св. Богородица-Перивлепта) , како и другите цркви и манастири, на седница на Светиот Архиерејски Синод е одлучено Светите мошти да се вратат назад во црквата ,,Св. Климент" (Св. Богородица-Перивлепта), со Светите мошти да се изврши опхождение со нив низ епархиските центри во Република Македонија.

И по двенеделно преосветување и осветување на Македонија, Светите мошти на Свети Климент повторно се поставија во црквата Св. Богородица-Перивлепта со најголеми можни свечености и чинодејствија на 5. октомври.1991 година, при што неговото Високопреосвештенство г.г. Тимотеј се обрати на огромната маса со следново слово

ВО ИМЕТО НА ОТЕЦОТ, СИНОТ И СВЕТИОТ ДУХ

,, голем Пророк се јави меѓу нас,
и Бог го посети Својот народ"
(Лк. 7,16)

Провидението Божјо испраќа одвреме-навреме свети луѓе, богосветители, пророци, кои треба да го пробудат народот од сон, да го прогонат мракот со факелот на божествената вистина и да го повикаат кон духовно-морално усовршување. Св. Климент Охридскиот Чудотворец е еден од таквите небесни боговесници. Над маглите и историјата тој свети како гранитен врв во далечините на времето. Тој е наш Мојсеј, кој изведе не само еден народ, туку многу словенски народи од ропството на незнаењето - идолопоклонството и ги воведе во ветената земја на православната христијанска вера и сеопшта култура. Како нов боговидец и чудотворец тој ги удри темелите на словенскиот јазик, кој до тогаш беше непознат и необработен, кој беше како една колема карпа,од која Св. Климент Охридскиот Чудотворец изобрази словенска писменос и култура, од која потекоа нови водени струи на животот. Тие нови струи што ги создаде Св. Климент меѓу словенските народи имаа слична историја на голема река, што минува голем и чуден историски пат, и со својата вода ги напојува многу народи со благодетното Христово учење.
Свети Климент - Охридскиот Чудотворец е наш Св. Ап. Павле, тој ни ги отвори очите за да се обрнеме од темнината кон светлината и од рацете на злото кон Бога, та преку вреата во Христа да примиме опростување на гревовите и наследство меѓу посветените.

Драги христијани, пред повеќе од 11 века, на сончевите брегови на Езерово, во древниот Охрид, стапна ногата на Св. Климент. ахиепископот Охридски Чдотворец.

Неговото зачекорување по улиците на Охрид и пошироко во Македонија, поголемите искушенија и премрежија низ кој тој помина со своите учители, Светите рамноапостоли Св. Кирил и Методија претставуваше, од една страна, продолжување на делото на Слунските брќа во духот на нивните идеи, а од друга, неговото пренесување и осуштествување кај Јужните Словени, посебно кај Македонците, на кој тој им беше посебно близок, и појазик и по неговите пораки. Така, благодарение на неговата исклучителна и генијална дарба, знаење и визионерство, на неговиот заграб во дејности што ги поставија темелите и го извршија големото и чудесно здание, што ги надмина сите премрежија и ги надживеа вековите,оставајќи ни трајни сведоштва за еден беспримерен и возвишен напор и плодови на една богата Македонска црква, имагинација и култура, Охридска книжевна школа, се создадоа и основите на просветата и напредок кај Јужните Словени. За Македонските Словени, тоа значеше ново препознавање и потврдување во тие просветни, културни и цивилизациски токови, и зачекорување по патиштата за откривање, развивање и афирмација на нивниот јазичен, културен и национален идентитет. Тоа се причините што толку бргу делото на Св. Климент и неговиот собрат Св. Наум, и на нивните 3500 ученици, и дејноста на Св. Климент како прв словенски Епископ во Охрид, беа прифатени и прегрнати во еден широк регион, влегувајќи длабоко во неговот битие и станувајќи негов траен израз низ вековите.Таа негова историска и основоположничка улога на Охридската црква го прави Св. Климент една од најсветлите личност на словенската просвета, а за македонскиот народ тој е втемелувач на сиот негов развиток низ времињата откако постои неговото колективно памтење. Тоа, впрочем, го афирмира со историска објективност и научната уверливост објективната наука, тоа го потврди најдобриот судуја - спроведливото верме. Затоа Македонската православна црква и македонскиот народ имаат длабока почикон ликот и делото на Св. Климент Охридски Чудотворец. Тоа е посебно изразено со пиетет кон неговите свети мошти, кои последниве денови, со решение на Светиот Архиерејски Синод на Македонската православна црква направија опхождение низ повеќето македонски градови, односно цркви, а денеска се внесуваат и положуваат во саркофаг во оваа црква, каде што и најдолго почивале.
Многустрана е личноста на Св. Климент Охридски и неговиот придонес кон културната преродба на словенските народи: тој е писател, општественик, преведувач, мисионер, мислител, милитвеник, служител на олтарот Божји, прв словенски епископ, чудотворец и помагач на сите што со вера му се обраќаат за помош, величенствена фигура што удира снажен печат на едно време, познато во културната историја како Светиклиментова епоха, златен век за словенската писменос. Неговата дејност одекнува далеку од Македонија, кај сите словенски народи.

Повеќе од еден милениум трае длабоката врска на Светиклиментовото име со животните текови на Охрид. По легендата, во свеста на охриѓани тој е патрон на градот, како што го претставуваат и средновековните зографи во живописот.
Градот Охрид што толку грижливо ги чуваше низ сите историски налети и судири спомените и моштите на Св. Климента, денес, односно овие денови Македонската православна црква во својата суверена држава ги изнесе и понуди на народот Светите мошти на патронот на Македонската православна црква, на сите православни Македонци и на други православни луѓе да можат да им се поклонат во повеќе наши свети цркви и да му се заблагодарат за сî што тој, со милос Божја, правел да се сочуваме како православен народ македонски. Неговите свети мошти се враќаат во древната и света столица Охрид на празникот на Сите македонски светители кога свечено ги внесуваме во неговиот втор дом, ,,Св. Богородица", позната како ,,Св. Климент Охридски". Да се помолиме на сите македонски светители, а посебно на Св. Климент Охридски Чудотворец да ни го просвети умот, зацврсти верата православна, зачува мирот во градот и светот, осветли патот со светлоста евангелска да можеме да го исполниме законот Христов и да го наследиме ветеното Царство Небесно.
А М И Н.

А веќе утредента, на денот на Сите Македонски светители (6. октомври. 1991 год.) се изврши преосветување на црквата на која богослужеше блаженејшиот Архиепископот охридски и македонски г.г. Гаврил со Нивните Високопреосвештенства митрополитите г.г. Стефан и г.г. Тимотеј со уште петнаесет црковнослужители.

На вечерната Богослужба, на 10. август. 2002 година, во оваа црква уште еднаш се случи настан кој ќе биде запишан во историјата на Македонската Православна Црква, со Боговдахновени чинодеанија и манифестации, со велелепна литија, по 530 години, дел од Светите мошти на Свети Климент кои почиваа во ,,Св. Богородица-Перивлепта", се вратија на местото од кое пред повеќе од пет векови поради иноверна власт беа приморани да се отстранат.